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Ya se ve la luz al final del túnel

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Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Miér Ene 11 2017, 22:04

Pues eso, que ya se va acabando mi tesis Cool

5 largos años (y lo que va de este) resumidos en un tocho infumable que se leerán los 3 del tribunal y poco más. Pero es MI tocho. Estoy ahora mismo ya en proceso de "edición" del texto, en el sentido de colocarlo todo, hacer portadas, poner los márgenes correctos, etc., pero antes de que acabe el mes, la depositaré. Y luego el tribunal la dará por buena (porque, siendo sinceros, las he visto mucho peores y las dan por buenas igualmente) y más o menos en marzo podré defenderla en esa especie de ceremonia llena de protocolo y con poca función real. Ay, menos mal.

¿Alguna oferta para hacer un postdoc no tendréis, eh? Smile
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 11:02

Felicidades Armando

Seguro ya lo has comentado, pero recuerdame de que va la tesis, sin tochos infumables, para neófitos, please.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Jue Ene 12 2017, 12:27

Bicho produce molécula con actividades antibióticas y antitumorales, vamos a mirar cómo el bicho lo hace, gen por gen, y ya de paso, vamos a ponerle a producir cosas nuevas parecidas para ver si conseguimos que produzca más, que produzca cosas nuevas, o ambas cosas a la vez.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 12:38

¿ Cómo estimuláis al bicho para que produzca más y/o diferente ?
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Jue Ene 12 2017, 12:46

Bueno, para estimular que crezca más hay muchas formas:

- Cortar otras vías que puedan consumir los precursores que te interesan para la tuya
- Aportar metabolitos muy concretos que no se puedan consumir en el metabolismo primario
- Juguetear con los reguladores globales del metabolismo para "conducir" los flujos metabólicos hacia lo que interesa
- Expresar en grandes cantidades los reguladores positivos específicos de la ruta, o inversamente, eliminar los reguladores negativos

Las tres primeras las usé "muy por encima" y no parecían buenas, así que las abandonamos; pero en mi ruta, que hay sólo un regulador positivo (porque a veces hay muchos, de todos los tipos, y tienen relaciones muy complejas entre ellos), lo sobreexpresé, y la producción me aumentó 40 veces.

Para hacer cosas nuevas, también hay muchas vías. Ya de mano mi bicho resulta que produce de forma natural una variación de la molécula por la que se le conoce; al quitarle un gen esencial, el bicho se pone chulo y roba una pieza similar de otra vía distinta, y la mete en la molécula final sin importarle que sea ligeramente distinta; y cuando ya le quité ambas piezas, entonces ya le puedo meter lo que quiera (dentro de unos límites marcados por la especificidad química de los enzimas correspondientes, claro). Me sale la tesis con 19 compuestos nuevos.

Por desgracia, ninguno es muy prometedor Sad Sí que hay alguno que mata tumores mucho mejor, el problema es que también mata mucho mejor las células sanas.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 13:04

Te pregunto desde el desconocimiento, pero por lo que comentas principalmente te centras en "ingeniería genética", en la manipulación de los factores intrínsecos relacionados con el bicho en la producción, supongo es a lo que refieres como "reguladores". Dos preguntas. ¿ El bicho es social ?¿ has probado a cambiar las condiciones ambientales, posibles reguladores externos, y como influyen en la producción ? ¿ el bicho que hace, si hace algo, con esas sustancias?

Tio, te quejas, pero también ha tenido que ser divertido y gratificante todo el curro que te estas pegando, y lo que queda, reitero mis felicitaciones ya solo por intentarlo.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Jue Ene 12 2017, 13:13

Los factores externos son también importantes, pero es muy difícil reproducir en el laboratorio las condiciones. Por ejemplo, mi bicho procede de sedimentos marinos a casi 4000 metros, recogidos al sur de la isla de El Hierro... ¿es social? ni puta idea, la verdad. Pero sí que probé a crecerlo añadiendo un 3.5% de sal (nivel del agua marina, más o menos) y creciéndolo a 4ºC, en la nevera, y el muy cabrón crece igual... bueno, más lento, pero crece, en comparación con tantas otras cepas de mis compañeros que cuando las meten en la cámara fría, dejan de crecer.

Y luego también la composición ambiental, claro que es importante. En el genoma de mi bicho se "detectan" genes como para sintetizar 8 ionóforos ("moléculas que cazan iones") distintos, probablemente porque viviendo en el fondo marino, los tiene que "pescar" de lo que vaya flotando por ahí. De hecho, mi propio compuesto de interés es un cazador de zinc (lo cual además también se sospecha que está relacionado con lo de que sea antibiótico y antitumoral). Pero lo dicho, que reproducir eso con exactitud... muy difícil.

Tampoco me quejo tanto, es simplemente que parecía que el fin no iba a llegar nunca, y de repente está aquí. Yo me he encontrado muy a gusto; de hecho mis compañeros ya me han dicho que nunca habían visto a nadie tan relajado ante la perspectiva de lo de escribir la tesis y luchar contra la burocracia, jejeje.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 13:24

Contra, tu bicho es canario,ja,ja,ja,ja, pues mira que los canarios dicen que estamos aplatanados.

Por cierto hace unos años precisamente las condiciones ambientales del Hierro fueron alteradas por erupciones volcánicas subacuáticas ( temperatura, minerales en el ambiente, etc), por curiosidad tu bicho es de antes o después. si es de la zona sur de El Hierro, por La Restinga, comentan que se ha producido una favorable reacción en el crecimiento de las especies de la zona.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Jue Ene 12 2017, 13:26

Pues... ¿cuándo fueron las erupciones? Lo recuerdo de las noticias, las plumas de sulfuro que cambiaban el color del agua y que si terminaría saliendo una nueva isla y tal... El artículo que describe a mi bicho está fechado de 2008, así que es de ese año, o probablemente anterior.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 13:32

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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por Willy el Jue Ene 12 2017, 13:58

Armando, te voy a echar encima a la protectora de animales Crazy

Enhorabuena!!

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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Jue Ene 12 2017, 14:03

Llama a Greenpeace o a PETA Crazy Si no te pone ojitos, les da igual.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 14:09

La verdad que meter a un canario, aunque sea un bicho, en una nevera y ponerlo a trabajar para que aumente la producción, debería ser considerado un delito,ja,ja,ja. Para colmo dice desconocer si es social, lo que ocurre es que no le interesa que se unan en sindicatos.
Explotadores whip jajajajaj.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por Willy el Jue Ene 12 2017, 15:57

Laughing Laughing Laughing Laughing

No es que no sea social, es que después de 4 días de nevera y de que te estén tocando los metabolitos no estás pa nadie. Normal.

Willy

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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Jue Ene 12 2017, 16:24

Sólo me habría faltado probar a ver en una cámara hiperbárica... que vivir a 4000 metros de profundidad es mucha presión para uno!! Smile
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por homo divergenticus el Jue Ene 12 2017, 16:50

Seguro para tí no sería tanto, si no sientes presión ante la burocracia y la escritura de la tesis, incluyendo referencias bibliográficas, es que eres un bicho,ja,ja,ja.

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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Sáb Ene 14 2017, 17:02

Calla, calla, con la burocracia... tengo 12 formularios distintos que rellenar, más uno que se multiplica por 6 porque necesito indicar quién quiero en mi tribunal y añadir motivos (es decir, poner artículos, proyectos, libros...) por los que son adecuados. He escrito tantas veces ya el (aburrido) título de mi tesis en documentos que creo que me lo voy a tatuar directamente Crazy

Y aún ni he empezado con el tema de imprimirla y encuadernarla, jajajaja. Eso sí, todo el mundo a mi alrededor no hace más que decirme que soy la persona que más relajada han visto con el tema de la tesis en su vida, incluidos mis jefes. Ya les he dicho yo que se esperen a cuando toque presentar el powerpoint.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Mar Feb 28 2017, 23:18

Bueno, por aquello de mantener la información actualizada: la tesis ha salido bien, ha sido un parto largo y duro, pero ha venido al mundo en formato 17x24 y con un medio kilo de peso. El día 30 tendrá lugar la defensa... pero entretanto, mañana tengo una entrevista por Skype con un posible jefe de Atlanta, y tengo más nervios por eso que por todo lo demás, ya no me quedan uñas que morder...
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por Truman207 el Miér Mar 01 2017, 17:21

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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por Jorge M. L. el Miér Mar 01 2017, 21:12

Caray, qué rápido. Si ya tienes una entrevista dudo que te vaya mal jaja.


"Veo las notas, un Do agudo táctil, clímax de la bella escala vital. Pasando por los semitonos tenues de la constante diaria. Ven a mí diosa de largo pelo, intocable por los huecos ojos de un ser desahuciado.

Si te veo lloro, si te toco te pierdo, si te pierdo quebranto.

Ven...

Inspiración".




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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Mar Mar 07 2017, 00:58

Estoy en 4 procesos de selección simultáneos, este que ya hice entrevista (muy majo el tío, por cierto), y otros 3 de los cuales no sé aún nada. La verdad que hay poco mercado para mi campo de investigación, sobre todo porque se demanda más, dentro de este campo, gente con el doctorado que química orgánica que gente con el doctorado en microbiología.

Eso y las ofertas que piden "doctorados en biología, con amplia experiencia en síntesis orgánica y que sepan programar en Java y Python". ¿Qué se creen que somos?
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por Maat el Miér Mar 08 2017, 02:04

Puedes aprender a programar Java y Python, conozco a muchos biólogos geeks que saben algo de informática, aunque todos se decantan por la parte de bioinformática específicamente (Viva la BIg Data, yey!)

No sabía que el doctorado lo hacían tan específico en España. Aquí eres doctor en biología o doctor en química, o doctor en bioquímica, o doctor en farmacia, eso de química orgánica o microbiología suena más para un master que para todo un doctorado.

¿Por cierto, me vas a mandar una copia de tu tesis al mail? Estoy de vuelta en el rodeo, me interesa leer y prometo respetar tus derechos de autor, dado que de todas maneras no trabajo con microorganismos y tengo poco y nada para plagiar Laughing
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Miér Mar 08 2017, 10:12

Yo la bioinformática, como la informática normal, "nivel usuario". Me defiendo bien, pero desde luego, ni sé programar ni tengo un particular interés en aprender a ello.

El doctorado en España no es nada específico. O sea, es específico en lo que haces, pero el título, de hecho (al menos el mío en mi universidad) va a ser "Doctor por la universidad X". Sin área ni ná. Antiguamente se ponía al menos "Doctor en [la carrera que hiciste]", que en mi caso sería Bioquímica, pero en el fondo cuando luego envías currículums en los que tengan que fijarse en tu doctorado, vas a tener que ser un poquito más específico que eso, para que sepan a qué te has dedicado. Yo por eso suelo decir que mi doctorado es en ingeniería genética de microorganismos, o en biotecnología microbiana, o en biosíntesis de productos naturales. Eso sí, el título de mierda de "doctor por la universidad de Oviedo" me va a costar 300 euros por el morro...

Por supuesto que te puedo mandar la tesis por email. O por Facebook o por donde sea, sólo indícamelo y yo la envío. Más tarde supongo que en algún momento estará disponible en TESEO, la base de datos de las tesis españolas, porque yo la he puesto a disposición del público libremente, pero vete tú a saber cuándo la cargan; de momento aún no está.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por Disperso el Lun Mar 20 2017, 16:21

Enhorabuena!
Dices que hay pocas oportunidades pero los que te necesiten tampoco creo que tengan muchos candidatos con tu perfil, así que ánimo y que encuentres un buen sitio.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

Mensaje por alodnamra el Lun Mar 20 2017, 17:00

Gracias Smile

Estoy ultimando detallitos de la presentación. Mañana tengo otra vez entrevista con el de Atlanta (que, para bien o para mal, debería ser la última), y hoy me han aceptado mi primer artículo científico como primer autor (aunque no es "visible ni citable" hasta que no paguemos los 1750 euros que cuesta publicar... Lo del mundo de las publicaciónes científicas sí que es una estafa). Estoy en una etapa un poco estresada de mi vida, jejejeje.
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Re: Ya se ve la luz al final del túnel

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